Để được xét hoàn thuế, doanh nghiệp phải sử dụng phương pháp khấu trừ khi tính thuế. Đây là phương pháp tính hiệu số giữa VAT đầu ra (được ghi trên hóa đơn giá trị gia tăng bán ra hàng hóa, dịch vụ) và VAT đầu vào (được ghi trên hóa đơn giá trị gia tăng mua vào hàng hóa, dịch vụ). Có 03 trường hợp xảy ra:

• Hiệu số giữa VAT đầu ra và VAT đầu vào > 0 : phải nộp thuế giá trị gia tăng;
• Hiệu số giữa VAT đầu ra và VAT đầu vào = 0 : không phải nộp thuế giá trị gia tăng;
• Hiệu số giữa VAT đầu ra và VAT đầu vào < 0 : được xét hoàn thuế giá trị gia tăng.

Thuế giá trị gia tăng sẽ được hoàn trong các trường hợp sau đây:

• Cơ sở kinh doanh thuộc đối tượng nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế được xét hoàn thuế nếu sau thời gian 03 tháng liên tục trở lên có số thuế đầu vào chưa được khấu trừ hết.

Ví dụ: doanh nghiệp A kê khai thuế GTGT có số thuế GTGT đầu vào, đầu ra như sau: (đơn vị tính: triệu đồng)

=> Doanh nghiệp đã có lũy kế số thuế đầu vào chưa được khấu trừ âm liên tục trong 03 tháng nên được hoàn thuế giá trị gia tăng với số tiền là 150 triệu đồng.

Luật thuế GTGT quy định mức thuế suất GTGT khi xuất khẩu hàng hóa ra nước ngoài là 0%. Lúc này, VAT đầu ra chỉ bằng 0, và nếu lấy VAT đầu ra trừ cho VAT đầu vào thì kết quả sẽ là một số âm bằng chính số VAT đầu vào (0 – VAT đầu vào = – VAT đầu vào).

• Do đó, cơ sở kinh doanh trong tháng có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu nếu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng theo tháng;
• Cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế được hoàn thuế GTGT khi chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động có số thuế GTGT nộp thừa hoặc số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết;
• Hoàn thuế GTGT đối với các chương trình, dự án sử dụng nguồn vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) không hoàn lại hoặc viện trợ không hoàn lại, viện trợ nhân đạo;
• Đối tượng được hưởng ưu đãi miễn trừ ngoại giao theo quy định của Pháp lệnh về Ưu đãi miễn trừ ngoại giao khi mua hàng hóa, dịch vụ tại Việt Nam để sử dụng sẽ được hoàn thuế GTGT đã trả ghi trên hóa đơn GTGT hoặc trên chứng từ thanh toán ghi giá thanh toán đã có thuế GTGT.