Doanh nghiệp và chi nhánh mới thành lập cần lưu ý một số vấn đề về phương pháp tính thuế giá trị gia tăng (GTGT), thời điểm áp dụng phương pháp khấu trừ, đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế,…. Cụ thể như sau:
Phương pháp khấu trừ thuế được quy định chi tiết tại Thông tư 219/2013/TT-BTC (sau đây gọi tắt là Thông tư 219) về việc hướng dẫn thi hành Luật Thuế GTGT. Tuy nhiên trong quá trình triển khai thực hiện, nhiều doanh nghiệp mới thành lập đã gặp phải nhiều vướng mắc đối với quy định này, do đó Bộ Tài chính đã ban hành Công văn số 2616/TCT-CS (sau đây gọi tắt là Công văn 2616) hướng dẫn doanh nghiệp thực hiện các quy định về áp dụng phương pháp khấu trừ thuế.
Thứ nhất, về giá trị tài sản, máy móc, thiết bị đầu tư mua sắm, góp vốn của doanh nghiệp mới thành lập: Doanh nghiệp mới thành lập được đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế khi:
Thứ hai, về việc áp dụng phương pháp khấu trừ thuế đối với các chi nhánh: Theo quy định của Thông tư 219 về phương pháp khấu trừ thuế chi nhánh được thành lập bởi doanh nghiệp đang nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ sẽ được áp dụng phương pháp tính thuế như của doanh nghiệp đang hoạt động (trong trường hợp chi nhánh khai thuế GTGT tại cơ quản lý thuế trực tiếp của chi nhánh). Tuy nhiên nếu chi nhánh không trực tiếp bán hàng, không phát sinh doanh thu thì phải khai thuế tập trung tại trụ sở chính của doanh nghiệp. Bên cạnh đó, doanh nghiệp cần lưu ý quy định này cũng được áp dụng đối với chi nhánh được thành lập từ dự án đầu tư của doanh nghiệp.
Thứ ba, về việc đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế: Các doanh nghiệp cần lưu ý những trường hợp sau: